Når røgen kommer ned i lungerne, vil den påvirke vævet både fysisk og kemisk, så dette nedbrydes. Der er også en del stoffer, der ændrer eller ødelægger den genetiske kode, så der sker mutationer, der senere kan udvikle sig til kræft i lungerne.
Stofferne bliver ikke i lungerne, men bliver henholdsvis optaget og transporteret rundt i kroppen eller kommer fra lungerne over i fordøjelsessystemet. Af alle de ca. 4.000 stoffer, der er i røgen, er mange skadelige på forskellige måder. Når de transporteres rundt i kroppen, vil der ske skader flere steder, og det kan bl.a. vise sig som blodpropper, nedsættelse af kroppens forsvarssystemer og udvikling af kræft.

Men inden røgen kommer ind i kroppen, påvirker og irriterer den også kroppens ydre regioner, og det er jo ikke kun rygeren, der bliver belastet af røgen, men også de mange passive rygere, der udsættes for røgen og risikerer at udvikle forskellige sygdomme.