Når stofferne er optaget gennem lungevævet eller fordøjelsessystemet, bliver de transporteret rundt i hele kroppen, og derfor ser man, at der sker skader på grund af rygning alle steder i kroppen. Kræft opstår i mange organer, da de kræftfremkaldende stoffer også kommer til en del målorganer.

Nikotin har desuden indflydelse på blodcirkulationen. Det giver øget puls, højere blodtryk, fald i hudtemperaturen og stimulering af binyrerne, så koncentrationen af adrenalin og noradrenalin øges. Desuden er der observeret øget cirkulation af frie fedtsyrer, glycerol og laktat.

Rygning giver også en øget risiko for flere typer af kredsløbssygdomme, som for eksempel blodpropper. Den største del af de cirka 14.000 dødsfald i Danmark, der sker på grund af rygning, opstår ved hjerte-kar-sygdomme. Hvilke kemiske stoffer fra cigaretrøgen, som er årsag til dette, vides ikke med sikkerhed, men især nikotin, carbonmonoxid og oxidante stoffer i røgen er under mistanke.