Når partiklerne er afsat i lungerne, vil lungesystemet reagere ved automatisk at prøve at fjerne dem igen. På indersiden af luftrøret og bronkierne sidder der nogle celler med fimrehår (cilier). Disse fimrehår vil transportere partiklerne, som er fanget i det slimlag, der hele tiden produceres i lungesystemet, op af lungesystemet og over i fordøjelsessystemet. Hvis fimrehårene er beskadiget, eksempelvis hvis cigaretrøg har ætset dem væk, vil partiklerne ikke kunne transporteres op. Man begynder at hoste for at flytte partikler og slim op af lungesystemet, hvilket er de første tegn på, at lungerne er blevet beskadiget af tobaksrøgen.
Længere nede i lungesystemet og ude i alveolerne sker der en nedbrydning af fremmedstoffer ved hjælp af hvide blodlegemer, især makrofager. Makrofagerne dannes i knoglemarven, ligesom de andre hvide blodlegemer. Herfra bliver de transporteret rundt i kroppen med blodsystemet, og en del vandrer ud i lungernes alveoler, hvor de kan opfange partikler ved fagocytose (indfange partiklerne ved at vokse uden om dem) og fordøje disse med deres indhold af proteaser i lysosomerne.

Makrofagernes nedbrydning er beregnet på organisk materiale, blandt andet bakterier og vira, men i tobaksrøgen findes også en del uorganisk materiale. Når en makrofag aktivt har optaget et ufordøjeligt stof ved fagocytose, vil det kunne medføre, at makrofagen sprænges, og indholdet af enzymet vil komme ud til lungevævet. Blandt enzymerne findes blandt andet proteaser, der nedbryder proteiner. Da lungevævet for en stor del består af proteiner, vil disse proteaser nedbryde lungevævet, hvis man ikke har et stof (alfa-1-antitrypsin), som hæmmer denne proces. Ved større mængder af uorganisk materiale i lungesystemet kan alfa-1-antitrypsin ikke følge med, og lungevævet vil blive nedbrudt af rygerens egne proteaser.

Når lungeoverfladen bliver nedbrudt, kan der dannes fibrøst væv, og epithelvævet bliver lettere at trænge igennem for bakterier og vira. Personer med fibrøst væv vil derfor være meget mere udsat for infektioner, som bronkitis og lungebetændelse.