Lungesystemet vil hele tiden forsøge at fjerne alle fremmedstoffer, så lungerne kan blive rene. På indersiden af luftrør og bronkier sidder nogle celler med små fimrehår (cilier). Samtidigt er der en del slimproducerende celler, som sørger for, at partiklerne bliver fanget, så fimrehårene med deres bevægelser kan begynde at transportere slimet med fremmedstofferne op af lungesystemet og blive ført over i fordøjelsessystemet, hvor de nedbrydes eller bliver udskilt af kroppen.

Længere nede i lungesystemet i alveolerne findes der ikke fimrehår, og fremmedstofferne kan ikke transporteres op igen. Fremmedstofferne skal nedbrydes i alveolerne, optages og transporteres væk med lymfe- eller blodsystemet. Ved de hvide blodlegemer, især makrofagerne, nedbrydes fremmestofferne. Dette er beskrevet i kapitel 3.
 
Fremmedstofferne udskilles med forskellig hastighed. Jo mere stof der er i lungerne, desto mere bliver der fjernet og omvendt når der bliver mindre. Når man ryger, vil der indstille sig en ligevægt mellem, hvad der afsættes af stoffer og hvor meget, der renses væk.

Man bruger ofte den biologiske halveringstid som mål for udskillelse/fjernelse af stof i organismen. Det er den tid, det tager at fjerne halvdelen af det stof, der er til stede på et givent tidspunkt. Ud fra halveringstiden og hvor meget stof, der er i lungerne, samt hvor meget der eventuelt tilføres, vil man kunne beregne, hvor meget stof der er i lungerne på et tidspunkt i fremtiden. Nogle af stofferne, eksempelvis de fleste gasser, har biologiske halveringstider på sekunder og minutter. Andre faste organiske og uorganiske stoffer har halveringstider på dage, men der er også en del af de 4.000 stoffer i røgen, der har en halveringstid på år.