Når stofferne er optaget i organismen, vil de kunne få forskellige skæbner. De kan blive deponeret, skade organer, nedbrydes, eller de kan udskilles.

Når stofferne i tobaksrøgen er optaget gennem lungevævet, vil de fleste blive transporteret i de aktive depoter: blodsystemet og lymfesystemet. Da disse to væskesystemer hovedsageligt består af vand, vil de stoffer, der er vandopløselige, lettest blive transporteret rundt. Fedtopløselige stoffer har en større tendens til at blive ophobet i passive depoter, som fedtvæv. I passive depoter vil stofferne ofte forblive længe, og der kan ske en ophobning, hvis man fortsat bliver udsat for det pågældende stof.
Ved ophobning (akkumulering) kan der efter længere tids påvirkning pludselig fremkomme skadevirkninger, da koncentrationen i depotet og dermed også i resten af kroppen, kan overskride koncentrationen for det pågældende stofs grænseværdi.

Ved transporten rundt i organismen vil stofferne komme frem til de organer, som kan risikere beskadigelse. Disse kaldes for målorganer.




Der vil løbende ske en nedbrydning i leveren eller en udskillelse for eksempel gennem urin, afføring og udåndingsluft. Hvor hurtigt stofferne nedbrydes eller udskilles, afhænger af det enkelte stofs egenskaber og organismens helbredstilstand. Der arbejdes ofte med halveringstider for stofferne i forbindelse med deres omsætning i organismen, således at der kan tages højde for den aktuelle koncentration, og der laves matematiske beregninger og modeller som omstående, der er en matematisk lungemodel.